延续第一部的故事，调皮的小美人鱼咕噜咕噜现在住在海洋保护区里。一天，一艘神秘货轮在附近海域倾倒了大量化学废料，导致珊瑚礁大面积白化，咕噜咕噜的好朋友小丑鱼家族病倒了。咕噜咕噜在海龟爷爷的口中得知，深海海沟里有一颗远古“净化珍珠”可以清除污染。她和新认识的海豚“飞毛腿”一起潜入海沟，却遇到了由海底垃圾组成的巨型“污染怪兽”。更糟糕的是，邪恶的海洋开发商“铁钩船长”也在追踪这颗珍珠，想要用它来制造更强的污染武器来填海造地。
续集在画面质感上有了明显提升，海底世界色彩斑斓。故事虽然简单但节奏明快，关于环保的主题传达得自然不生硬。非常适合家长带着孩子一起观看，寓教于乐。
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